出窖母糟经拌粮、润料、蒸酒蒸粮、摊晾、撒曲后入窖，泥封进行嫌气发酵。在封窖后及发酵1、3、5、7、9、15、20、30天取样对发酵糟进行微生物检测，发酵糟中酵母菌、霉菌、细菌的数量变化规律各异。一般在粮糟入窖后第1~3天，酵母菌增殖达到高峰，数量从(3-8)x10000个/g达到(2-4)x10000000个/g，以后随着窖内氧气逐渐减少，酵母菌的生长繁殖受到抑制数量逐渐减少，发酵30天后酵母菌数量还少于人时的数量产酯酵母在发酵糟中检出较少。
在窖内发酵时的变化规律与产酒酵母相似，但在发酵前三天，产酯酵母占主要数量。在研究中，有时在发酵中、后期可检出数量较多的产酯酵母。发酵糟中的酵母菌数，上层糟多于中层糟，中层又比底层多。产酯酵母在浓香型酒发酵中与己酸菌，丁酸菌等窖泥功能菌共同作用，产生酒中主体香味成分，但其作用机理尚不清楚，有资料介绍可能是由酯化酶所致。
由于曲粉中存在多量的霉菌，封窖时发酵糟中霉菌数量最高，但封窖后由于窖内氧气的缺乏，不利于霉菌的生长，因而数量迅速减少，但在发酵中期又有所增加，然后又复下降。细菌在发酵中数量变化相对较小，人窖后发酵前三天数量增加较多，以后稍有下降，但在30天以后细菌总数均高于酵母菌和霉菌。这说明在发酵后期，窖内氧气缺乏，适合嫌气细菌的生长繁殖，此类细菌在生香阶段起着重要的作用。
黄浆水是发酵中的产物，黄浆水中除含淀粉、糖分、糊精、有机酸酯、单宁、色素外，还含有丰富的微生物及其残体。
黄浆水中的微生物以细菌为主，其中芽孢杆菌占相当的数量，其次是球菌，霉菌数量极少，经常未能检出。酵母菌数量在黄浆水中仅次于细菌，往往死细胞居多，黄浆水酸度高，pH值一般在3.0~3.5，因此黄浆水中的酵母菌都能耐较高的酸度是值得开发利用的菌株，它对曲酒安全度夏将会起到重要的作用。黄浆水中未发现产酯酵母。